IntelliJ IDEA の Scala プラグインで fsc (Fast Scala Compilation) オプションの使い方はちょっと分かりにくいです。
Ctrl + Alt + S で Scala Compiler ダイアログの Use fsc (fast scalac) オプションをチェックします。
Run - Edit Configurations から Edit (Run/Debug) Configurations ダイアログを開き [+] ボタンにて Scala Compilation Server を選択します。
Select (Run/Debug) Configurations にて作成した fsc を選択して
Run ボタンを押下します(Run... から fsc を選択した方が良いかも..)。
あとは、Ctrl - Shift - F10 にてコードを実行することで fsc でのコンパイルが可能になります。
これでコンパイル時間が短縮できます。